مادر مکرمه ایشان حضرت نجمه خاتون (س) است. در سال ٢٠٠ هجرى قمرى در پى اصرار و تهدید مأمون عباسى سفر تبعید گونه حضرت رضا (ع) به مرو انجام شد و آن حضرت بدون این که کسى از بستگان و اهل بیت خود را همراه خود بیاورند راهى خراسان شدند.

پس از دفن حضرت معصومه (س) در قم ، موسى بن خزرج سایبانى از بوریا بر فراز قبر شریفش قرار داد تا این که حضرت زینب فرزند امام جواد (ع) به سال ٢٥٦ هجرى قمرى اولین گنبد را بر فراز قبر شریف عمه بزرگوارش بنا کرد. پس از آن در طول سالیان دراز تا امروز مرقد مطهر ایشان همواره مورد توجه و احترام شیعیان و ارادتمندان بوده و بارها تجدید بنا شده و توسعه و تکمیل یافته است. امروزه حرم مطهر دارای ضریح، گنبد، رواق ها، ایوان ها ،صحن ها، گلدسته هاو....بسیار زیبایی است.

سیر تاریخی هریک ازبناهای حرم به شرح زیر است:

مرقد مطهر

در سال 605 هجرى به دستور «امیر مظفر احمد بن اسماعیل» بزرگ خاندان آل مظفر، بزرگ ترین استاد کاشى ساز آن زمان «محمد بن ابى طاهر کاشى قمى» کار ساخت و پرداخت کاشى هاى متنوع مرقد را شروع کرد و بعد از هشت سال، در سال 613 کاشى هاى آن آماده گردید و کار گذاشته شد. اخیراً در سال 1377 شمسى مرقد مطهر به شکل جدید که آمیخته اى از کاشى و سنگ است تجدید بنا شد و همچنین دیواره هاى داخلى با سنگ مرمر سبز آراسته گردید.

ضریح:

در سال 965 هجرى شاه طهماسب صفوى، در چهار طرف مرقد ضریحى آجرى آراسته به کاشی هاى هفت رنگ و کتیبه هاى معرق بنا نمود و در اطراف آن منافذى باز بود تا هم مرقد دیده شود و هم زائران نذورات خود را داخل ضریح بریزند.

در سال 1230 هجرى قمرى فتحعلى شاه همان ضریح را نقره پوش کرد که این ضریح به مرور زمان فرسوده شد و در سال 1280 ضریحى که از نقره ضریح سابق و نقره هاى موجود در خزانه ساخته شده بود به جاى آن نصب گردید.

این ضریح چندین مرتبه تجدید بنا و اصلاح شد و سال هاى متمادى روى مرقد حضرت باقى بود تا این که در سال 1368 هجرى شمسى به دستور تولیت آن زمان شکل ضریح را تغییر دادند و ضریحى را با ظرایف و شاهکارهاى هنرى ویژه اى به جاى آن نصب نمودند که آن ضریح همچنان برفراز تربت نورانى حضرت برقرار است و در اسفند ماه 1380 شمسى اصلاحات و تعمیرات جدید صورت گرفت.

رواق ها:

محدوده هاى نزدیک تر به ضریح مطهر را رواق می گویند. حرم مطهر دارای چهار رواق است:

1- رواق بالاسر که محوطه بین مسجد بالاسر تا ضریح مطهر است و با آیینه کارى و گچکارى هاى بسیار زیبا آراسته شده است.

2- رواق دارالحفاظ که محوطه بین ایوان طلا و ضریح مطهر است.

3- رواق آینه (شهید بهشتى) که در بخش زنانه و پایین پاى حضرت (س) واقع است.

4- رواق پیشرو که محوطه بین مسجد طباطبایى تا ضریح مطهر است.

صحن ها:

حرم مطهر دارای سه صحن است:

1- صحن نو (اتابکى):

این صحن زیبا داراى چهار ایوان شمالى، جنوبى و شرقى و غربى است: ایوان شمالى آن ورودى از میدان آستانه و ایوان جنوبى ورودى از طرف قبله و ایوان شرقى ورودى از خیابان ارم و ایوان غربى همان ایوان آینه است در هر کدام از این ایوان هاى یاد شده ظرایف و آثار هنرى، معمارى خاصى به کار رفته است. این صحن آز آثار (میزرا على اصغر خان صدر اعظم) است که از سال 1295 هجرى قمرى تا سال 1303 بناى آن طول کشیده است.

2- صحن عتیق (قدیم)

صحن عتیق (واقع در شمال روضه مبارکه) اولین صحنى است که در این بارگاه مبارکه بنا شده، این صحن را چهار ایوان زیبا فرا گرفته است. ایوانى با عظمت در جنوب که همان ایوان طلا (ورودى صحن به روضه مطهره) مى باشد و ایوانى در شمال که ورودى فیضیه به صحن را تشکیل مى دهد که ساختمان نقاره خانه روى آن بنا شده است و ایوانى در غرب که ورودى مسجد اعظم به صحن است و در شرق، ایوان ورودى صحن عتیق به صحن نو واقع است. این صحن و ایوان هاى اطراف آن را «شاه بیگى» همسر شاه اسماعیل صفوى در سال 925 هجرى قمرى بنا نمود. از سال 1377 نیز تعمیرات اساسى در این صحن و مقابر اطراف شروع شده است که همچنان ادامه دارد.

3- صحن صاحب الزمان

این صحن با بیوتات متعلق به آن در مساحتی حدود 8 هزار متر مربع با چهار جهت ورودی، در سال 1381 شروع و در سال 1384 افتتاح گردید. (ورودی شرقی "شبستان امام خمینی" ، ورودی غربی "پل آهنچی" ، ورودی شمالی "بست مسجد اعظم" ، ورودی جنوبی "خیابان جدیدالاحداث". دیواره های اطراف این صحن منقوش به کتیبه های قرآنی با خطوط بنائی و کوفی در ساختار و طرح جدید با ترکیبی از سیمان سفید و آجر است.

گلدسته ها:

1-گلدسته های ایوان طلا:

در دو طرف این ایوان در صحن عتیق، گلدسته هایی پوشیده از کاشی گرهی به صورت مارپیچ (به بلندی 40/17 متر از سطح بام و قطر 50/1متر) ساخته شده است که بین پیچ ها، اسامی مبارک: «الله»، «محمد»، «على» به خط کوفی نوشته شده است که در بالای آنها زیر مقرنس کتیبه ای قرار دارد، که سقف آن "ان الله و ملائکته یصلون ... " است.

این مأذنه ها به دستور «محمد حسین خان شاهسون شهاب الملک»، در سال 1285 هجرى قمرى، طلا کارى شد.

در سال 1385 هجری شمسی تعمیرات دیگری بر روی این گلدسته ها صورت گرفت و سر گلدسته ها طلاکاری شد.

2-گلدسته هاى ایوان آینه:

برفراز پایه هاى دو طرف ایوان دو مأذنه است که، از بلندترین بناهاى آستانه مى باشد.

ارتفاع آنها از سطح بام 28 متر و از سطح صحن 80/42 متر و محیط آن 30/3 متر می باشد. در بالاى مأذنه ها کتیبه اى با پهناى حدود یک متر دیده مى شود که متن آن در یکى از مأذنه ها «لا حول ولا قوه الا بالله العلى العظیم» و در دیگرى «سبحان الله و الحمدلله و لا اله الا الله و الله اکبر» است. پوشش هر دو مأذنه از بالا تا پایین سرتاسر کاشى گرهى است که در میان آن ها نام هاى پروردگار متعال خوانده مى شود.

بانی آنها، امین السلطان و معمار، استاد حسن معمار قمی می باشد و کاشی کاری گلدسته های مذکور بعد از پیروزی انقلاب اسلامی تعویض شده است.

3-گلدسته های صحن بزرگ:

در صحن بزرگ (نو یا اتابک) روبروی ایوان آیینه قرار دارند. پوشش آنها، کاشی گرهی هشت ضلعی متساوی است. روی چهار ضلع این گلدسته ها نامای مبارک «الله»، «محمد»، «على» از بالا به پایین 4 مرتبه نوشته شده است.